1、出口貨物運入保稅區或其它保存場所
對海關進行出口申報之前，出口貨物須先運入保稅區(Bonded Area)，由專門機構對貨物的品質、數量等進行驗收，然后方可進行出口申報。日本的保稅場所主要有指定保稅區、保稅貨場、保稅工廠、保稅展覽場地、綜合保稅區。
進出口貨物運入或運出保稅區均須事先書面報告海關，并有海關官員在場監督運輸。
進出口貨物在辦理通關手續時原則上應放置于各種保稅區中，但在某些情況下，貨物的性質、狀態和保稅區的狀況無法保證貨物方便和適當地進入保稅區，此時海關關長可允許某些貨物在一定時期內存放在保稅區以外的適當場所。
2.出口申報
出口申報由出口商或其代理人進行，但在通常的出口通關中，都由具有通關資格的海運公司代出口商辦理全部通關事務。
集裝箱運輸貨物(已通過集裝箱運輸的審批)出口申報時，需附上由確認裝箱的機構(原則上為海關關長認可的公認鑒定機構)出具的證明書，注明品名、數量、編號、進出口商號、船名、嘜頭等通關審查必須事項。一般集裝箱貨物原則上不得與其它貨物混裝，但同一出口商的貨物則可混裝。
3、出口許可
出口申報經所需文件確認無誤后，出口即得到海關許可。在出口商填寫的3份《出口申報書》中，1份由海關存底，1份交大藏省關稅局供海關統計用，另1份作為出口許可書(Export Permit)，與出口審批文件和出口報告書一同退出口商或其代理人。出口商提取貨款時，需向外匯銀行提交上述文件，外匯銀行確認無誤后送交日本銀行。出口商所交商業發票中，海關留存1份，另1份與出口報告書一起送交通產省，用于出口統計。